Фамилия Каппарова — редкий случай, когда тюркская основа и русский суффикс встречаются в женской форме, но мужской вариант (Каппаров) строится по той же модели. В её основе лежит тюркское слово «каппар» или «каппарь». В разных диалектах оно могло означать либо «упрямый, своенравный человек» (от тюркского «кап» — мешок, в переносном смысле — «надутый, несговорчивый»), либо «сторож, охранник» (от «кап» — «закрывать, охранять»). Вторая версия менее вероятна, но возможна в южных регионах, где слово «каппар» фиксировалось как прозвище для ночного сторожа.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Каппаров — буквально «сын Каппара». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от тюркских прозвищ, особенно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири, где русские и татары веками жили рядом. Фамилия могла возникнуть при переписи населения в XIX веке, когда крестьянам или казакам давали фамилию по прозвищу отца.

Если основа «каппар» восходит к арабскому «кафир» (неверный, иноверец) через тюркское посредничество, то это могло быть прозвище для человека, принявшего православие из мусульман, или, наоборот, для того, кто держался старой веры. Но это лишь гипотеза: в русских говорах слово «каппар» не зафиксировано, что говорит о его узкорегиональном или диалектном характере.

Фамилия редкая, не встречается в списках дворянских родов и известных исторических персоналий. Её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или казачьей среды, возможно, из районов смешанного русско-татарского населения. Двойная «п» в корне — результат адаптации тюркского произношения на письме: в оригинале согласный мог быть долгим или напряжённым, что при записи по-русски передали удвоением.