Фамилия Каптелиниа — редкий случай, когда написание подсказывает географию точнее, чем корень. Окончание -иа, а тем более -иниа, для русских фамилий нетипично. В подавляющем большинстве случаев такое окончание выдает греческие, молдавские или румынские корни. Если перед нами не опечатка в документе и не позднейшее искажение при переписи, то перед нами фамилия, скорее всего, греческого происхождения, возможно, из числа понтийских греков, переселявшихся в Российскую империю.

В основе лежит греческое слово «каптелис» (καπτέλης) — «мелкий торговец», «лавочник», «кабатчик». Это не купец с оборотом, а скорее хозяин небольшой лавки или харчевни. Суффикс -иниа (-ίνια) в греческой ономастике часто образует фамилии по принципу принадлежности: «из рода такого-то» или «относящийся к». Таким образом, Каптелиниа — это «из рода Каптелиса», то есть потомок того самого мелкого торговца.

В русском контексте фамилия могла закрепиться в двух вариантах: либо как Каптелиниа (с ударением на последний слог, по греческой модели), либо со временем обрусела до формы Каптелин. Если в вашем роду есть предание о переселении с юга, из Причерноморья или Крыма, эта версия становится основной. Встречается также вариант Каптелиниди (с патронимическим суффиксом -иди), что однозначно указывает на греческое происхождение.

Менее вероятно, но не исключено, что перед нами искусственная фамилия, созданная в духовных семинариях. В таком случае её могли образовать от латинского «capitulum» (глава, капитель) или греческого «kephale» (голова), но для семинарских фамилий больше характерны окончания -ский и -ев. Поэтому версия с греческим торговцем выглядит убедительнее и проще: она не требует сложных этимологических построений и объясняет редкое окончание естественным путём.