Фамилия Капустена — редкий пример, когда суффикс -ен- входит в основу, а не является патронимическим окончанием. В русских фамилиях типичный суффикс принадлежности — -ин (Капустин) или -ов (Капустов). Здесь же мы видим форму, напоминающую притяжательное прилагательное женского рода: «капустена» могло означать «принадлежащая к Капусте» или «относящаяся к капусте». Но скорее всего, перед нами не женский вариант фамилии, а устоявшаяся форма мужского рода, закрепившаяся в документах.

Основа — прозвище Капуста. В старину так могли назвать человека за любовь к этому овощу, за цвет волос (светло-зеленый оттенок), за круглую форму головы или за то, что он торговал капустой. В говорах «капустой» иногда называли толстый кошелек или тугой узел — отсюда могло пойти прозвище запасливого, прижимистого человека. Прозвище Капуста встречается в писцовых книгах XVI века, например, в Новгородских землях.

Суффикс -ен- в фамилиях нехарактерен для центральной России, но встречается в северных и сибирских говорах, где притяжательные формы на -ен могли образовывать от прозвищ с мягкой основой. В слове «капуста» основа твердая, поэтому форма Капустена — скорее результат диалектного или канцелярского искажения. Возможно, в метрической книге писарь записал фамилию на слух: услышал «Капустен» и вывел «Капустена», а затем форма закрепилась.

Встречается фамилия преимущественно на юге России и в Украине, где капуста была основой питания, а прозвища по овощам — обычное дело. Однокоренные фамилии — Капустин, Капустников, Капустянский — распространены шире, но Капустена выделяется своей грамматической нестандартностью.

Точных сведений о дворянском или крестьянском происхождении этой фамилии нет. Скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми, получившими прозвище по роду занятий или внешности.