Фамилия Капуза — редкий случай, когда прозвище почти не изменилось при переходе в фамилию. Она образована напрямую от прозвища Капуза, а не от имени или профессии через стандартные суффиксы. Само слово «капуза» в русских говорах означало «коротышка», «недоросток», «малорослый человек». В словаре Владимира Даля это слово зафиксировано именно с таким значением — обидным, но беззлобным. Так могли прозвать низкорослого, щуплого или младшего в семье мужчину.

Иногда фамилию ошибочно связывают с названием овоща — капустой. Но это народная этимология: слово «капуста» имеет латинские корни (caput — «голова»), а «капуза» — исконно русское, с корнем, родственным словам «каплюга», «каплюжник» (малорослый, недоросль). В некоторых диалектах «капузой» называли и невысокий, кривой нож для резки капусты, но это значение более позднее и локальное.

Фамилия Капуза — безсуффиксная, то есть прозвище перешло в фамилию в чистом виде, без добавления -ов, -ин или -ский. Такая модель типична для украинских, белорусских и южнорусских фамилий (сравните: Нечитайло, Паливода, Кривонос). Поэтому географически фамилия Капуза чаще всего встречается на юге России, в Белгородской, Воронежской, Ростовской областях, а также на Украине. В центральных и северных регионах России она редка: там прозвище скорее оформили бы как Капузин или Капузов.

В старину прозвище Капуза не было редкостью в документах. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Капуза из новгородских земель XVI века. Но в современном виде фамилия закрепилась именно в тех регионах, где прозвища без суффиксов были нормой. Так что предки носителя фамилии Капуза, скорее всего, были невысокими людьми из южнорусских или украинских крестьян, и прозвище им дали соседи — без злобы, а по-свойски, за рост или комплекцию.