Фамилия Карапулько сразу обращает на себя внимание необычным звучанием. В её основе лежит слово «карапулька» — так в южнорусских и украинских говорах называли мелкую дробь, мелкую картечь или просто что-то маленькое, крошечное. Слово это родственно «карапузу» — карапулькой в переносном смысле могли назвать и маленького ребёнка. Однако, судя по суффиксу, прозвище Карапулька скорее относилось к взрослому человеку, которого за невысокий рост или щуплое телосложение дразнили этой уменьшительной формой.

Фамилия образована по украинской модели с суффиксом -ко, который в данном случае указывает на происхождение от прозвища: Карапулько — буквально «сын или потомок Карапульки». Такая модель типична для Поднепровья, Слобожанщины и юга России, куда в XVII–XVIII веках активно переселялись малороссийские казаки и крестьяне. Географически фамилия Карапулько встречается преимущественно в Сумской, Харьковской и Белгородской областях, что подтверждает её восточноукраинские корни.

Словообразовательная цепочка здесь прозрачна: «карапулька» → прозвище Карапулька → фамилия Карапулько. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладают в великорусских землях, суффикс -ко указывает на украинскую или южнорусскую среду. При этом в официальных документах XIX века фамилию могли записывать и как Карапульков — с русифицированным окончанием, но исходная форма сохранилась именно в варианте Карапулько.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с диалектным глаголом «карапулить» — в некоторых говорах так говорили о человеке, который делает что-то неловко, неуклюже, «карапузится». Однако эта версия уступает первой по распространённости и логике: значение «мелкий, крошечный» встречается в источниках чаще и лучше объясняет мотивацию прозвища.

Таким образом, предок современных Карапулько был, скорее всего, невысоким или субтильным человеком, получившим прозвище от слова «карапулька» — и это прозвище закрепилось за его потомками в форме фамилии. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным историческим родам у этой фамилии нет — она типична для крестьянской и казачьей среды.