Фамилия Кардупов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от множества фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь основа явно нецерковная, прозвищная. Ключ к разгадке — слово «кардуп» или его диалектные варианты.

В русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, «кардуп» — это рыба, мелкий подкаменщик или бычок. Прозвище Кардуп мог получить либо рыбак, либо человек с какой-то внешней или поведенческой чертой, которую в деревне сравнивали с этой цепкой, скользкой рыбёшкой. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «кардупить» — «чистить, скрести» (например, рыбу). Тогда Кардуп — чистильщик, человек, занятый грубой работой по разделке улова.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русской фамилии: «чей сын?» — Кардупов, то есть потомок Кардупа. Фамилия могла возникнуть в среде крестьянского или промыслового населения, где личные прозвища были обычным делом и давались по занятию, месту жительства или внешности. Географически она тяготеет к регионам, где распространён промысловый лов рыбы, особенно в бассейне северных рек.

Искать в этой фамилии дворянские корни не стоит: она из разряда тех, что хранят память о быте, а не о титулах. Единственная альтернативная версия — от тюркского слова «кардуп» (например, в значении «родственник»), но она слаба, так как для русской ономастики характернее бытовое, рыбное прозвище, чем заимствование из языков, не соседствующих плотно с носителями фамилии.