Фамилия Кардюков образована от прозвища или имени Кардюк, а тот, в свою очередь, — от слова «карда» или «кард». В русских говорах «карда» — это конский волос, щетина, а также инструмент для их чесания — карда, то есть щётка с металлическими зубьями. Кардюком могли прозвать того, кто работал с конским волосом: чесал его, делал щётки, валял войлок. Это ремесло было распространено в крестьянской среде, особенно в районах коневодства или кустарных производств.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Кардюка». Так что первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном человека по прозвищу Кардюк. В отличие от более частых фамилий на -ин (от основ на -а), форма на -ов здесь закономерна, так как основа оканчивается на твёрдый согласный.

Есть и другая версия, менее вероятная: в южнорусских и украинских говорах «кардюк» могло быть диалектным вариантом слова «гардюк» — горло, гортань. Тогда прозвище дали бы человеку с громким голосом или большим кадыком. Но связь с ремеслом прочнее: фамилия Кардюков встречается в документах XVII–XVIII веков, и чаще всего её носители были посадскими людьми или крестьянами, занимавшимися обработкой шерсти и конского волоса. В переписных книгах по Рязанской и Тамбовской губерниям Кардюковы отмечены как мастера-щетинники.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России, особенно к Рязанщине, Тамбовщине, Воронежью. В XIX веке часть Кардюковых переселилась на Кубань и в Сибирь. Сейчас фамилия редкая, но не исчезнувшая: по данным современных телефонных справочников, она встречается в Краснодарском крае, Ростовской и Волгоградской областях.

Однокоренные фамилии — Кардов, Кардин, Кардюкин — различаются суффиксами, но восходят к той же основе. Кардюков среди них самая распространённая, что говорит о более устойчивой традиции прозвища в конкретной местности.