Фамилия Кардюкова — женская форма, а мужская, Кардюков, образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище Кардюк. Чтобы понять его смысл, нужно заглянуть в южнорусские и украинские говоры, где слово «кардюк» (или «кардук») имело несколько значений, и все они связаны с бытом, характером или внешностью.

Самая вероятная версия отсылает к ремеслу: кардюком называли мастера, который обрабатывал шерсть, «кардил» её — то есть чесал, разрыхлял перед прядением. Это занятие было распространено в крестьянской среде, особенно в регионах, где держали овец. Предок-Кардюк мог быть шерстобитом или валяльщиком. Вторая версия, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, — прозвище по внешности. В некоторых диалектах «кардюк» означало «коротышка», «невысокий плотный человек». Третья, совсем редкая, связывает слово с тюркским «кардык» — «снежный занос, буран», но это скорее искусственное сближение, без серьёзной опоры в антропонимике.

Суффикс -юк в основе типичен для украинской и южнорусской ономастики: он часто образует прозвища от названий профессий или качеств (сравните: Коваль — Ковалюк, Бондарь — Бондарюк). Географически фамилия Кардюков/Кардюкова тяготеет к Курской, Белгородской, Воронежской областям и к востоку Украины, что подтверждает её диалектное происхождение.

В документах фамилия встречается с XVII века, но массово фиксируется в метрических книгах XIX века. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Кардюкова — чисто прозвищная, «ремесленная», и говорит о конкретном занятии предка, а не о его имени. Сословно носители были в основном крестьянами и мещанами, без дворянских корней, что для такой модели естественно.