Фамилия Карниченко образована по типичной для украинской и южнорусской ономастики модели: основа плюс суффикс -енко. Этот суффикс, означавший в XVI–XVIII веках «маленький» или «сын», указывает на происхождение от человека, которого звали Карнич или Карник. Фамилия эта редкая, с неочевидной корневой основой, и здесь возможны две главные версии.

Первая и самая прямая: основа происходит от имени Корней (церковное Корнилий). В украинской народной традиции это имя переделывали в Карней, Карнило, а прозвище Карнич или Карник могло означать «сын Корнея» или «человек Корнея». Тогда Карниченко — это уже «внук» или «потомок» такого Карнича. Такая цепочка (Корней → Карнич → Карниченко) встречается у фамилий на -енко, где усечение корня происходило на украинский лад.

Вторая версия ведет к прозвищу от диалектного глагола «карнить» — в некоторых говорах это означало «хромать», «ковылять», или «карный» — «хромой». В этом случае Карнич — человек с хромотой, а его потомки стали Карниченками. Версия не самая частотная, но для фамилий с неясным корнем её стоит учитывать: хромота была заметным признаком, который легко закреплялся в прозвище.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Карниченко встречаются в основном в Воронежской, Харьковской и Полтавской губерниях — то есть в зоне активного формирования фамилий на -енко. Сословно это чаще всего были крестьяне или казаки, и фамилия не указывает на знатное или духовное происхождение.

Интересная деталь: написание через «а» (Карниченко, а не Корниченко) закрепилось, вероятно, под влиянием акающего произношения, свойственного южным говорам. В документах можно встретить и вариант Корниченко, но Карниченко — это уже устойчивая форма, которую носители не меняли.