Фамилия Карноухова — женская форма фамилии Карноухов, которая относится к древнему пласту русских прозвищных фамилий. Её основа — прозвище Карноух, которое, скорее всего, давали человеку с заметной особенностью: с коротким, обрубленным или отсутствующим ухом. Слово «карный» в русских говорах означало «короткий», «обрубленный». Отсюда и «карноухий» — тот, у кого ухо короче обычного, либо повреждено. Такие прозвища были распространены в крестьянской среде, где физический недостаток или приметная черта легко становились уличным именем.

Суффикс -ов в фамилии Карноухов указывает на типичную модель образования русских фамилий в XVI–XVII веках: от прозвища отца с помощью притяжательного суффикса. Карноухов — буквально «сын Карноуха». Форма на -а (Карноухова) закрепилась в женском роде по правилам русской грамматики. Интересно, что фамилия нередко встречается в южнорусских регионах, особенно в Курской, Воронежской и Ростовской областях, что может говорить о диалектной основе прозвища: именно в этих говорах слово «карный» было в ходу.

Версия о происхождении от тюркского «кара» (чёрный) и «ухо» менее убедительна. Хотя смешение с тюркскими корнями возможно в южных степных областях, прямая связь с русским диалектным «карноухий» выглядит логичнее и подтверждается ономастическими данными. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные прозвища (Кривоух, Безухов) разбираются как типичные для описательной антропонимии, и Карноухов стоит в этом же ряду.

Социально фамилия не была дворянской или боярской. Она происходит из среды крестьян, ремесленников или служилых людей низших чинов. Прозвище могли дать и как шутливое, и как констатирующее: в любом случае оно цеплялось к человеку прочно и передавалось детям уже как фамилия. Сегодня Карноуховы — одна из тех фамилий, которые сохранили в себе живой отпечаток русской народной речи, почти исчезнувшей из бытового обихода.