Фамилия Карноуховы — одна из тех, что хранит в себе не просто прозвище, а конкретную, почти осязаемую внешнюю черту. В её основе лежит диалектное прилагательное или прозвище «Карноух». Слово это составное: первая часть «карн-» восходит к древнерусскому «корный» или «карный» — короткий, обрубленный, а вторая часть — «ух» (ухо). Таким образом, Карноух — это человек с коротким, обрубленным или отсутствующим ухом. В старину такие прозвища давали не из жестокости, а по острой, запоминающейся примете — шрам от сабли, последствие болезни или врождённая особенность. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна этот тип прозвищ отнесён к «физическим недостаткам», но без уничижительного оттенка: на Руси так метко «окрещивали» человека, чтобы сразу понять, о ком речь.

Модель образования типична для русского севера и центральных областей: прозвище Карноух плюс суффикс -ов дало фамилию Карноухов, а форма множественного числа (Карноуховы) закрепилась как родовое имя. Интересно, что в некоторых говорах слово «карноухий» означало не только «куцеухий», но и «короткоухий» применительно к собаке — возможно, прозвище сначала относилось к человеку, который держал таких собак, или сам имел что-то общее с этим признаком.

Фамилия не относится к числу очень редких, но и не широкая. Она встречается преимущественно в Воронежской, Курской и Ростовской областях, а также в среде донских казаков — там прозвища по внешним приметам были особенно живучи. В боевой среде потеря уха или шрам были делом обычным, так что первый Карноухов мог быть не просто крестьянином, а служилым человеком, казаком или солдатом.

Спорных версий у фамилии почти нет. Иногда её пытаются связать с тюркским «кара» (чёрный), но это натяжка: вторая часть «-ух» никак не объясняется, а «кара-нух» не даёт осмысленного сочетания. Правдоподобнее всего — чисто славянская описательная модель, где внешность становится фамилией на века.