Фамилия Карнвухов — редкий случай, когда написание прямо указывает на возможную ошибку в документах. Скорее всего, перед нами искажённая форма фамилии Карнаухов, которая, в свою очередь, образована от прозвища Карнаухий. В русских говорах «карнаухий» означало человека с обрезанным, изуродованным или просто коротким ухом. Прозвище могли дать тому, кто лишился части уха в драке, после наказания или из-за болезни. Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: «сын Карнаухого».

Версия с «в» вместо «а» — Карнвухов вместо Карнаухов — могла возникнуть из-за особенностей произношения в некоторых диалектах, где безударный «а» редуцируется почти до неуловимого звука. При записи фамилии в церковной книге или паспортном столе писарь, услышав нечто среднее между «а» и «ы», мог зафиксировать «в». Это типичная «народная этимология» на письме, когда непонятное сочетание подгоняют под более привычное. Второй корень «вух» здесь не имеет смысла, это чисто фонетический сбой.

В ономастике фамилия Карнаухов хорошо известна и встречается у казаков, особенно донских и кубанских, где прозвища по физическим приметам были распространены. Карнвухов, скорее всего, её ответвление, закрепившееся в какой-то одной местности или даже в одной семье после ошибки переписчика. Встретить её можно редко, и это делает её ценной для генеалогии: если ваша фамилия пишется именно так, это может быть маркером конкретной ветви рода, отделившейся от основного массива Карнауховых.

Искать предков стоит в южнорусских и казачьих регионах, а при изучении архивов — проверять оба варианта написания, так как в метрических книгах одно и то же лицо могли записать по-разному.