Фамилия Карпушкеев — редкий пример того, как уменьшительная форма имени закрепилась в официальной фамилии с необычным суффиксальным оформлением. В основе лежит имя Карп, которое пришло на Русь из греческого языка и означает «приносить пользу» (от греческого karpos — плод, польза). Однако в фамилию перешла не сама каноническая форма, а её производная — Карпушкей.

Суффикс -ей в данном случае — не опечатка и не случайность. В русской народной традиции имя Карпушка (от Карп + -ушк-) могло получить окончание -ей под влиянием южнорусских или белорусских говоров, где такие формы (Андрей → Андрушкей, Иван → Иванкей) встречаются как ласкательные. Фамилия образована по стандартной модели на -ев: чей? — Карпушкеев, то есть сын или потомок Карпушкея.

Существует и вторая гипотеза, связывающая фамилию не с именем, а с прозвищем от нарицательного «карп» — рыба семейства сазанов. В этом случае Карпушкей — прозвище рыбака или человека, разводившего карпов в прудах. Такая версия правдоподобна, если учесть, что в центральных и южных губерниях России карповое хозяйство было распространённым промыслом. Однако первая версия — от имени — более надёжна: прозвищ с суффиксом -ушкей в русской ономастике почти нет, а уменьшительные формы имён с этим суффиксом фиксируются повсеместно.

Фамилия встречается крайне редко, что указывает на локальное происхождение — скорее всего, из одного рода или даже одной семьи. Написание с двумя «е» (Карпушкеев, а не Карпушкейев) сохраняет исходную основу Карпушкей, что подтверждает словообразовательную прозрачность: потомок того, кого звали Карпушкей.