Фамилия Карпушкины — одна из тех, где народное, обиходное имя прочно закрепилось в качестве родового прозвания. Вопреки возможной догадке, её основа — не рыба, а древнее крестильное имя Карп. Оно пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка, где karpos означало «плод». В святцах имя связано с апостолом от семидесяти Карпом, учеником апостола Павла.

В повседневной речи полное имя Карп сокращали и обласкали по-свойски — Карпушка. Именно эта уменьшительная форма и стала базой для фамилии. Модель образования проста: к основе на -а добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на то, что предок был «сыном Карпушки» или «человеком из семьи Карпушки». Это одна из самых распространённых словообразовательных схем для русских фамилий.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах бытовал глагол «карпаться» — копаться, возиться, делать что-то медленно. В белорусских диалектах «карпачом» называли ленивого, нерасторопного ребёнка. Если допустить, что прозвище Карпушка возникло не от имени, а от этих корней, оно могло указывать на характер — медлительного или кропотливого человека. Однако против этой гипотезы говорит то, что имя Карп было на Руси распространённым и давало естественный повод для уменьшительной формы, а диалектная лексика реже становилась основой для фамилий такого типа.

Географически фамилия Карпушкины встречается в разных регионах, но заметно чаще в центральных и северных областях России, а также в Поволжье — там, где имя Карп было особенно употребительно в крестьянской среде. Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс закрепления фамилий растянулся на несколько столетий, и разные ветви Карпушкиных могли оформиться независимо друг от друга в XVII–XIX веках.

Фамилия Карпушкина (женский вариант) строится по тому же принципу, что и мужская, но с окончанием -а. Она не имеет отдельного смысла, а лишь указывает на принадлежность к роду: «жена или дочь Карпушкина». В документах XIX века можно встретить оба варианта в зависимости от пола носителя.