Фамилия Карпушкна — как раз тот случай, когда в глаза бросается не основа, а суффикс. Если бы фамилия оканчивалась на -ин, всё было бы прозрачнее: Карпушин, Карпухин. Но здесь -кн-, да ещё и с беглой гласной. На самом деле перед нами результат цепочки преобразований: имя Карп → уменьшительная форма Карпушка → притяжательное прилагательное «Карпушкин» → его стяжённый вариант Карпушкна.

Исходное имя — Карп, древнегреческое по происхождению (καρπός — «плод»). В святцах оно связано с мучеником Карпом, епископом Фиатирским, так что имя было крестильным и вполне распространённым в среде простых людей. От Карпа образовали десятки ласкательных и обиходных форм: Карпуша, Карпуха, Карпушка, Карпик. Именно от Карпушки и пошла фамилия.

Модель образования редкая. В русских фамилиях суффикс -кн- встречается нечасто и почти всегда — результат редукции: Карпушкин → Карпушкна. Такое стяжение характерно для северных и северо-восточных говоров (Архангельская, Вологодская, Вятская губернии), где в живой речи окончания «съедались». Фамилия Карпушкна могла закрепиться в документах именно в таком усечённом виде, если писарь записывал прозвище на слух.

Стоит отличать её от фамилии Карпушкин. Разница минимальна, но показательна: Карпушкин — более «литературная», полная форма, а Карпушкна — диалектная, «окающая» или акающая, с выпадением звука. В современных базах встречаются оба варианта, и носители фамилии Карпушкна, скорее всего, имеют предков из тех мест, где говорили бегло и редуцированно.

Кем был первый Карпушкна? Скорее всего, крестьянином или ремесленником. Фамилия недворянская, образована от простонародной формы имени, без суффиксов -ов/-ев, которые чаще давали боярским и служилым родам. Никакой связи с рыбой карпом тут нет — только с личным именем, хотя народная этимология могла позже переосмыслить фамилию в шутку.