Фамилия Карпушкина образована от имени Карпушка — народной, обиходной формы канонического мужского имени Карп. Само имя Карп восходит к греческому слову karpos, что означает «приносить пользу» или «плод». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище или профессия, а личное имя, которое в дохристианской и раннехристианской традиции могло иметь пожелательное значение — чтобы ребёнок рос полезным, плодотворным.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Карпушк- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я: Карпушка → «чей сын?» → Карпушкина. Первоначально это было отчество: «дочь (или жена) Карпушки», а затем закрепилось как наследственная фамилия.

Стоит обратить внимание на суффикс -ушк- в основе. В русских говорах он придавал имени ласкательный или уменьшительный оттенок, но не обязательно детский: Карпушкой могли называть и взрослого человека в кругу семьи или близких. Такие формы были особенно распространены в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге и западе.

Фамилия Карпушкина — относительно редкая. В отличие от массовых Карповых, Карпушкины сохранили более архаичную, «домашнюю» форму имени предка. Если у Карповых родоначальником был просто Карп, то у Карпушкиных — именно Карпушка, что говорит о том, что фамилия закрепилась в среде, где человека называли не по полному церковному имени, а по его бытовому варианту. Это типично для крестьянской и мещанской среды, где документальная фиксация фамилий происходила позже, в XVIII–XIX веках, и часто записывали прозвище или обиходное имя, как его слышали.

Других версий происхождения, например от прозвища, связанного с рыбой карп или диалектным словом, для этой фамилии нет: основа однозначно антропонимическая. Потомок человека по имени Карпушка со временем и получил фамилию Карпушкина.