Фамилия Карпушкин образована от имени, а не от рыбы. В ее основе лежит не слово «карп», а мужское крестильное имя Карп. Это имя имеет греческое происхождение и в переводе означает «плод». От него в народной среде возникла уменьшительно-ласкательная форма Карпушка — именно она и стала прямым источником фамилии. Модель образования проста и типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Карпушкин буквально означает «сын Карпушки».

Существует и другая, менее вероятная версия. Она связывает прозвище Карпушка с диалектным глаголом «карпаться» — «копаться, медленно делать что-либо». В белорусских говорах известно слово «карпач» в значении «ленивый ребенок». Если принять эту гипотезу, фамилия могла отражать характер или манеру поведения предка. Однако против этой версии говорит то, что имя Карп было широко распространено в святцах и давалось при крещении, тогда как диалектный глагол ограничен регионально. Поэтому основное объяснение — происхождение от канонического имени — выглядит гораздо правдоподобнее.

Фамилия не относится к числу самых частых, но встречается в разных регионах России, особенно в областях, где было распространено имя Карп. С точки зрения социального состава, это типичная фамилия крестьянского и мещанского сословия: именно в этих слоях уменьшительные формы имен (Карпушка, Ивашка, Петрушка) закреплялись в качестве официальных фамилий после отмены крепостного права.