Фамилия Карунас предположительно образована от прозвища Гауронас, которое восходит к древнепрусскому gauronas, что значит «охотник на морских котиков». Таким образом, это прозвище может относиться к профессиональным именованиям, указывающим на род деятельности предка. По другой версии, фамилия Карунас ведёт начало от прусского слова garuke или garutis, что значит «горячая голова». Таким образом, основатель рода Карунас мог быть вспыльчивым, буйным человеком. Согласно ещё одной гипотезе, в основе фамилии Карунас лежит личное имя Кариун, которое происходит от прусского слова kariaut - «бороться» или «пахать».