Фамилия Карунина — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, звучит не по-русски, но вполне объяснимо. В её основе лежит прозвище Каруна, а оно, скорее всего, восходит к литовскому слову karūna — «корона» или «хоругвь». Не стоит думать, что предок Каруниных был потомком королей: в русских деревнях прозвища Царь, Король, Коронный встречались нередко. Так могли назвать крестьянского сына в надежде, что он вырастет богатым и знатным, или же взрослого человека с горделивым, властным характером. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Каруны», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Фамилия не из самых частых, но зафиксирована в документах. В Книге памяти Республики Башкортостан упоминается Михаил Николаевич Карунин, 1903 года рождения, уроженец Кустанайской области. Там же есть запись о Валентине Степановне Каруниной, родившейся в 1943 году. Эти данные подтверждают, что фамилия бытовала на стыке современных России и Казахстана, в зоне исторических контактов с балтийскими и тюркскими языками. Впрочем, литовское происхождение основы — лишь наиболее вероятная версия, поскольку в русских говорах слово «каруна» как нарицательное не зафиксировано.