Фамилия Каруненко — редкий случай, когда украинская модель образования наложилась на финскую по происхождению основу. Суффикс -енко, характерный для восточной и центральной Украины, указывает на происхождение от отца по имени или прозвищу: Каруненко — буквально «сын Каруна» или «потомок Каруна». Но вот само слово Карун имеет совсем не славянские корни.

Скорее всего, в основе лежит финское Karunen — распространённая фамилия в Финляндии и Карелии. Она образована от слова karu, что значит «суровый», «скудный», «бесплодный» (о земле) или «неприветливый» (о человеке). В финской ономастике Karunen — типичная фамилия крестьян, живших на скудных северных почвах, либо прозвище человека с суровым нравом. Как она попала в украинское окружение? Вероятно, через переселения: после присоединения Финляндии к Российской империи в 1809 году финны и карелы переезжали в южные губернии, иногда смешиваясь с местным населением. Либо это след более древних контактов — например, через новгородских переселенцев, осваивавших южные земли.

Менее правдоподобна версия о чисто славянском происхождении. Карун могло быть прозвищем от диалектного «карать» (наказывать) или от тюркского «кара» (чёрный), но в таком случае мы бы ожидали форму Каруненко с одним «н» или более частые варианты вроде Караев, Караченко. Двойное «н» в суффиксе -енко при такой основе — аномалия, если не считать её результатом адаптации иноязычного слова. Именно финская этимология объясняет и двойное «н», и редкость фамилии.

Географически фамилия Каруненко встречается точечно — в основном на востоке Украины (Харьковская, Сумская области) и в южных регионах России, куда в XIX веке активно переселяли государственных крестьян. Носителей мало, и это не случайно: слияние финской основы с украинским патронимическим суффиксом — штучный исторический факт, результат миграции, а не массового именования.