Фамилия Кацанков — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует внимания не столько к корню, сколько к суффиксальной модели. В ней отчётливо видна ассимиляция нерусской основы с помощью русского фамильного форманта -ов. Основа здесь — Кацанк-, но в ней скрыт ещё один суффикс, тюркского происхождения.

Скорее всего, в основе фамилии лежит прозвище Кацан или Кацанко. В южнорусских и украинских говорах словом «кацан» (или «кацап») называли выходцев из великорусских земель, причём слово это имело пренебрежительный оттенок. Однако связь с этим этническим прозвищем — лишь одна из версий, и не самая убедительная: фамилия Кацанков не характерна для украинской среды, где скорее возник бы вариант Кацапенко.

Намного правдоподобнее версия тюркская. В языках тюркской группы (татарском, башкирском, казахском) есть корень «кац-» или «кач-», означающий «убегать», «спасаться бегством», а также «бродяга», «скиталец». Суффикс -ан образует имя деятеля: «кацан» — «беглец», «бродяга». В русских говорах Поволжья и Приуралья такое прозвище могло закрепиться за человеком беспокойным или пришлым. Далее к основе Кацан добавился уменьшительный суффикс -к-, что дало форму Кацанко (сравните: Иван — Иванко), а уже от неё образовалась фамилия Кацанков — «сын или потомок Кацанка».

Таким образом, фамилия Кацанков — это пример того, как тюркское прозвище прошло через русскую уменьшительную форму и закрепилось в стандартной патронимической модели на -ов. Предки носителей этой фамилии, вероятно, жили в зоне активных русско-тюркских контактов — в Поволжье, на Урале или в южном приграничье. Сама фамилия встречается крайне редко, и её география в основном привязана к этим регионам, хотя отдельные носители рассеяны по всей России.