Фамилия Кайтуков образована от карачаево–балкарского мужского имени Кайтук. Возможно, оно образовано от слов «къайад» и «туг». Первое из них переводится на русский язык как «брак, супружество», а второе – «кровь». Менее вероятной представляется связь фамилии с киргизским словом «кайтуу» — «возвращение».