Фамилия Каюкина образована от прозвища Каюка. В словаре Владимира Даля «каюка» — это простак, бедняк. Скорее всего, прозвище закрепилось за основателем рода из-за простодушного характера или невысокого социального положения. Но есть и другая версия: в рязанских говорах глагол «каюкать» означал «болтать». Тогда Каюкой могли прозвать разговорчивого, общительного человека.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Каюкина — «дочь (или жена) Каюки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имен, оканчивающихся на -а или -я. В мужском варианте фамилия звучит как Каюкин.

Среди носителей фамилии — Михаил Иванович Каюкин, участник Великой Отечественной войны, удостоенный звания Героя Советского Союза. Это один из немногих документально подтверждённых фактов, связывающих фамилию с известной личностью.

Фамилия редкая, в современных справочниках встречается нечасто. Её основа не имеет отношения к тюркскому слову «каюк» (лодка), хотя внешнее сходство может ввести в заблуждение. Словообразовательный разбор и диалектная привязка к рязанским говорам надёжнее связывают Каюкиных именно с русской прозвищной традицией.