Фамилия Каюковы — это классический пример русского родового именования, образованного от прозвища. В основе лежит слово «каюк», которое в старину означало не конец или гибель, как можно подумать сегодня, а тип речного грузового судна. Каюки были распространены на южных реках: это полубарка с двускатной крышей, загнутым носом и небольшой каютой на корме. В южных говорах каюком называли также лодку-долбушку, выдолбленную из цельного ствола дерева, без набоев по бортам. Позже такие однодеревки стали обшивать досками — насадами, но название осталось.

Прозвище Каюк относилось к «профессиональным» именованиям. Так могли назвать человека, который строил эти лодки, владел ими или перевозил на них грузы. Скорее всего, прозвище закрепилось за лодочником или корабельщиком — человеком, чья жизнь и работа были неразрывно связаны с рекой и деревянным судостроением. Со временем прозвище потеряло прямую связь с ремеслом и перешло в фамилию по стандартной русской модели: сын, внук или дальний потомок Каюка стал писаться Каюковым.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — «Каюков», то есть из рода Каюка. Эта модель — самая массовая в русской ономастике, она охватила все сословия. Поэтому точное место и время возникновения фамилии назвать сложно: процесс шёл несколько столетий, с XV по XVII век, и мог произойти в любом регионе, где водились каюки — на Дону, Волге, Днепре или их притоках. Интересно, что фамилия Каюковы не получила широкого распространения, в отличие от «лодочных» фамилий вроде Лодкиных или Баркасовых, но сохранила редкую и точную привязку к конкретному типу судна.