Фамилия Казачишен — редкий пример, где суффикс -ен указывает на происхождение от прозвища, а не от крестильного имени. В основе лежит прозвище Казачиша, которое образовано от слова «казак». В отличие от привычных фамилий на -ов или -ин, модель Казачишен (с суффиксом -ен) характерна для украинской и белорусской традиции, где так образовывали фамилии от прозвищ на -а: Казачиша → Казачишен, то есть «сын или потомок Казачиши».

Само слово «казак» заимствовано из тюркских языков. У него несколько значений: «скитаться, бродить», «смелый, проворный», а также «неженатый, холостой». В славянской среде прозвище Казачиша могло указывать не только на род занятий (вольный воин, сторож, конный служилый человек), но и на социальное положение — свободный, никому не подчиняющийся человек. В XVI–XVII веках так называли не только запорожских или донских казаков, но и людей, ведущих независимый образ жизни.

Поскольку прозвище Казачиша закрепилось за человеком как основное именование, его потомки получили фамилию по отцу: «чей?» — Казачишен. Географически такие фамилии чаще встречаются на юго-западе России, в Беларуси и на Украине, где суффикс -ен/-енко был распространенной моделью. В документах XIX века могли писать и Казачишин — из-за диалектного произношения, но исходная форма именно с -ен.

Сегодня фамилия Казачишен остаётся малочисленной. В открытых данных она встречается единично, что подтверждает её локальное происхождение: скорее всего, она ведёт начало от одного рода, а не от массового прозвища.