Фамилия Казачишин — редкий случай, когда в основе лежит не слово «казак», а его производное. Вопреки интуитивному ожиданию, фамилия образована не напрямую от прозвища Казак, а от более сложной формы — Казачище. Суффикс -ищ- в русских прозвищах часто имел увеличительное, а иногда и пренебрежительное значение: Казачища — это не просто казак, а «большой казак», «видный казак», или же, в зависимости от контекста, «казачина» (тот, кто сильно казакует, подчёркнуто ведёт себя как казак). Именно от такой основы — Казачищ(а) — с помощью типичного западноукраинского и южнорусского патронимического суффикса -ин и появился Казачишин, то есть «сын Казачищи».

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались русские, украинские и казачьи говоры. Наиболее вероятна её фиксация на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в восточных областях Украины. Суффикс -ин в данном случае указывает не на принадлежность к роду (как в фамилиях на -ов), а на прямое родство по отцу, что характерно для украинской ономастической модели (ср. Гришин, Петренко). Таким образом, предок носителя фамилии был не просто казаком, а человеком, которого в округе прозвали Казачищей — возможно, за рост, силу, суровый нрав или за особую приверженность казачьему быту.

Стоит отметить, что фамилия Казачишин избежала типичной для многих «казачьих» фамилий унификации. Если бы она образовывалась по стандартной русской модели, мы бы имели Казачищев или Казачищов. Сохранение суффикса -ин прямо указывает на украинское или южнорусское происхождение, где эта модель была продуктивной. Встречается также вариант написания с двумя «ш» — Казачишшин, но он ошибочен и возникает из-за ложного удвоения согласной при попытке «усилить» звучание.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Это не массовая дворянская или крестьянская фамилия, а скорее локальное родовое прозвание, закрепившееся в одном-двух сёлах или станицах. Носители фамилии, скорее всего, потомки казаков-черноморцев или донских казаков, но не старшинских родов, а рядовых служилых людей.