Фамилия Казаначеева — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений. В её центре — слово «казначей», то есть человек, ведающий казной, деньгами и ценностями. В старину это была важная должность: казначеи служили при княжеских и боярских дворах, в монастырях, а позже — в государственных учреждениях. Прозвище Казначей или Казаначей давали либо тому, кто занимал эту должность, либо человеку, который вёл себя соответственно — был расчётливым, бережливым или, наоборот, имел доступ к большим средствам.

Форма Казаначеева (с буквой «а» во втором слоге) — это не ошибка, а диалектная или историческая особенность произношения. В русских говорах, особенно в южных и центральных областях, «о» в безударном положении часто переходило в «а»: «казначей» звучало как «казаначей». Такая замена закрепилась в фамилии и стала её отличительной чертой. Если бы предок произносил слово чётко по правилам орфоэпии, мы бы имели фамилию Казначеева — и она действительно существует, но встречается чаще.

Суффикс -еев указывает на принадлежность: Казаначеев — сын Казаначея. По модели образования это типичная русская фамилия, закрепившаяся в XVI–XVII веках, когда прозвища отцов начали передаваться детям как наследственные. Важно, что окончание -еев, а не -ов: это связано с тем, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный (чей). В документах могла встречаться и форма Казаначеев, но женский вариант Казаначеева указывает на то, что в роду были женщины, носившие эту фамилию.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральной России и Поволжье, что совпадает с зоной распространения «акающих» говоров. Можно предположить, что первый носитель — казначей в поместье или воеводстве, а не при царском дворе: иначе фамилия была бы более известной и записанной в боярских книгах. Скорее всего, предок Казаначеевых был человеком среднего достатка, грамотным и уважаемым — казначеев на местах ценили за честность и умение считать.