Фамилия Казнин неоднозначна по происхождению, и у неё есть как минимум два объяснения, которые ведут в разные стороны. Первая версия — от прозвища Казна. Слово «казна» в старину означало государственное имущество, богатство, доходы. Прозвище Казна мог получить казначей — человек, который эту казну хранил и распоряжался ею, или просто богатый, зажиточный крестьянин. В этом случае фамилия Казнин означает «потомок Казны» и строится по типичной модели: прозвище на -а плюс суффикс принадлежности -ин.

Вторая версия, менее очевидная, связывает фамилию с глаголом «казнить». Здесь корень меняет значение: казнить — подвергать казни, карать смертью. По этой гипотезе, Казниным могли назвать сына казнённого человека. Такое прозвище давали по трагическому событию в семье, и со временем оно закрепилось как фамилия. Правдоподобность этой версии ниже: прямое прозвище «Казна» встречается чаще, чем производное от глагола «казнить», но полностью исключать её нельзя — в русской ономастике есть фамилии, образованные от подобных «страшных» прозвищ (например, Убийца, Горемыка).

Суффикс -ин в фамилии Казнин указывает на восточнославянскую модель образования: так оформлялись фамилии от основ на -а, -я. Географически фамилия редкая, не имеет ярко выраженного ареала, что типично для фамилий, возникших из прозвищ, а не из названий профессий или мест. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Казнина нет, но модель «Казна + -ин» хорошо вписывается в ряд фамилий вроде Казнов, Казновский.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает выбрать версию: фамилии Казнов, Казновский, Казначеев явно восходят к слову «казна» и профессии казначея. Фамилия Казнин стоит ближе к прозвищному ряду — её носитель, скорее всего, потомок человека, которого в округе звали Казной, а не казнённого.