Фамилия Казюкин образована от имени или прозвища Казюка. В основе лежит уменьшительная форма крестильного имени Касьян (в просторечии — Казян, Казюк), которое восходит к латинскому Cassianus — «принадлежащий Кассию», а то, в свою очередь, к cassus — «пустой». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Казюкин — «сын Казюки». Это классическая русская модель фамилий, распространённая в северных и центральных губерниях, где преобладал «иновый» тип.

Однако возможна и вторая версия: прозвище Казюка могло возникнуть от диалектного глагола «казить» — «портить, уродовать, делать наперекор». В таком случае фамилия закрепилась за человеком с неуживчивым, своенравным характером. В говорах Вологодской и Архангельской областей слово «казиться» означало «упрямиться, дурить», что подкрепляет эту гипотезу — фамилия могла возникнуть именно на Русском Севере, где прозвища на -юк/-юка часты.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Казюков, Казютин, Казицын — показывает, что Казюкин стоит ближе к севернорусской традиции: суффикс -ин здесь вытеснил более южный -ов. В писцовых книгах XVII века встречаются крестьяне Казюкины в Устюжском уезде, что подтверждает региональную привязку. Социально фамилия почти наверняка крестьянская — в дворянских родословных она не зафиксирована.

Таким образом, Казюкин — либо «сын Касьяна», получившего уменьшительное имя Казюка, либо потомок прозвищного предка по имени Казюка, характер которого описывался как «казистый» — своенравный, с норовом. Обе версии не противоречат друг другу: прозвище могло закрепиться за реальным Касьяном.