Фамилия Кенджаева происходит от древнетюркского мужского имени Кенджа. В переводе на русский язык это имя означает «самый младший». Скорее всего, такое имя давали младшему сыну в семье, чтобы подчеркнуть его положение среди братьев. Фамилия образована по распространённой в тюркских языках модели: к основе имени прибавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («сын Кенджи»). Женская форма Кенджаева возникла уже позже, когда фамилии закрепились в документах и передавались по наследству.

Формирование фамилий у народов, говорящих на тюркских языках, шло неравномерно и растянулось на несколько столетий. Поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Кенджаевых можно только после углублённых генеалогических изысканий. Однако ясно, что основа фамилии — личное имя, а не прозвище, ремесло или географическое название. Это типичная модель для многих современных фамилий Средней Азии и Поволжья, где тюркские имена соединились с русскими фамильными суффиксами.

Интересная деталь: в некоторых тюркских языках слово «кенджа» могло также означать «маленький» или «нежный», что усиливает гипотезу о младшем ребёнке. В отличие от фамилий, образованных от имён-титулов (например, Беков или Султанов), Кенджаева прямо указывает на порядок рождения в семье — довольно редкий случай среди фамилий этого региона.