Фамилия Кенина — женская форма, а её носительница почти наверняка приходится родственницей мужчине по фамилии Кенин. В русской модели фамилий суффикс -ин указывает на принадлежность: Кенин — сын Кени, жена Кенина. Поэтому ключ к происхождению — мужская основа Кеня.

Самая распространённая версия выводит Кеню из уменьшительной формы канонического имени Ксенофонт (греч. «чужестранный голос», «звучный»). В народном обиходе длинные имена дробились: Ксенофонт превращался в Ксеню, а затем в Кеню — по аналогии с тем, как Авксентий становился Аксеней или Ксеней. Менее вероятна, но возможна связь с именем Кир (греч. «господин, владыка») или с редким крестильным именем Кенсорин. В любом случае, перед нами «домашнее» прозвище, которое закрепилось как фамильное.

Вторая версия — прозвищная, без связи с церковным календарём. В северных и уральских говорах «кеня» могло означать «пень», «коротышка» или «упрямый человек». Слово встречается в архангельских диалектах в значении «небольшой чурбан». Если предок получил прозвище Кеня за низкий рост или крепкую фигуру, фамилия образовалась по тому же принципу, что и Пеньков или Бревнов.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Кенины исторически концентрировались на Русском Севере и в Поволжье. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне Кенины в Вятском крае и на Устюге. Это указывает на непривилегированное происхождение: фамилии на -ин у крестьян и посадских людей были нормой, тогда как дворянские чаще оформлялись суффиксом -ов/-ев.

Географическая привязка помогает отсечь менее правдоподобные гипотезы. Соблазнительно связать фамилию с финно-угорским корнем (например, карельское «кени» — «кровь»), но для русской фамильной системы такое заимствование без прозвищного посредничества нетипично. Скорее всего, Кенины — потомки человека, которого в своей среде называли Кеней, будь то по имени или по внешнему признаку.