Фамилия Кенжекеев восходит к древнетюркско-татарскому имени Кенжекей. Оно было образовано от слова «кенже», имеющего значение «богатство, ценность», при помощи уменьшительно-ласкательного аффикса -кай (-кей). Обычно так называли самого младшего ребенка в семье. Таким образом, потомок человека, которого звали Кешжекей, со временем получил фамилию Кенжекеев.