Фамилия Кенжекеева образована от древнего личного имени Кенжекей, которое было распространено в тюрко-татарской среде. Основа имени — слово «кенже» — означает «богатство» или «ценность», а уменьшительно-ласкательный аффикс -кай (-кей) придаёт имени оттенок нежности и близости. В традиционных семьях таким именем чаще всего нарекали самого младшего, позднего ребёнка — «кенже» в этом смысле значит «последыш, младшенький». Имя подчёркивало особое отношение к нему как к продолжателю рода и хранителю домашнего очага.

Фамилия Кенжекеева — женская форма, указывающая на принадлежность к роду Кенжекеевых. Мужской вариант — Кенжекеев. По словообразовательной модели это типичная патронимическая фамилия на -ев, которая закрепилась в русской делопроизводственной традиции при фиксации тюркских имён. Суффикс -ев указывает на «сына» или «потомка» человека по имени Кенжекей.

Само имя Кенжекей встречается у казахов, киргизов, татар и башкир, что указывает на широкий ареал бытования фамилии — от Поволжья до Центральной Азии. При этом точное место и время возникновения фамилии Кенжекеева определить сложно: процесс закрепления тюркских имён в качестве наследственных фамилий у разных народов шёл неравномерно и завершился в основном в XIX — начале XX века. Для окончательных выводов по конкретной ветви рода необходимы генеалогические изыскания с привлечением архивных записей и метрических книг.

Стоит обратить внимание на редкую морфологическую особенность: в отличие от многих тюркских фамилий, оканчивающихся на -ов/-ев, здесь сохранился исходный аффикс -кей, что делает фамилию легко узнаваемой и реже встречающейся. Однокоренные фамилии — Кенжебаев, Кенжегалиев, Кенжегулов — имеют ту же основу «кенже», но образованы от других личных имён.