Фамилия Кенжекулов — редкий случай в русском ономастиконе, потому что её основа не славянская, а тюркская, а суффикс — русский. Это типичная модель для фамилий, которые возникали у народов Средней Азии и Казахстана в XIX–XX веках, когда при интеграции в имперскую административную систему местные имена и прозвища оформляли по русскому образцу. Суффикс -ов здесь работает как показатель принадлежности: буквально «сын Кенжекула» или «из рода Кенжекула».

Корень фамилии — составное казахское имя Кенжекулы. Разбирается оно на две части: «кенже» (младший, последний ребенок в семье) и «кул» (раб, слуга, но в тюркской антропонимии — почтительное обозначение человека, отданного под покровительство Бога или святого). В буквальном смысле Кенжекулы — «младший раб», то есть «младший, посвященный Богу». Такие имена были распространены у казахов, киргизов, каракалпаков: считалось, что имя с элементом «кул» защищает ребенка от злых духов и болезней. Учитывая, что «кенже» указывает на младшего сына, имя могли дать позднему ребенку, которого особенно берегли.

Вероятно, основателем рода был человек по имени Кенжекулы. Его дети и внуки стали Кенжекуловыми — сначала как отчество, потом как наследственная фамилия. Географически фамилия тяготеет к южным регионам Казахстана и к Каракалпакстану, где компонент «кул» в именах встречается особенно часто. В русских метриках и советских паспортных столах её могли записать с ошибками: Кенжегулов, Кенжекулов или Кенжекулов, но основной вариант закрепился именно с «к» в середине.

В отличие от фамилий на -ин или -ский, которые часто указывают на место или профессию, Кенжекулов — чисто патронимическая фамилия, образованная от личного имени без дополнительных смысловых наслоений. Это сближает её с огромным пластом русских фамилий на -ов, но с той разницей, что имя-основа не календарное, а народное тюркское. Никакого отношения к сословию или роду занятий предков эта фамилия не даёт: Кенжекуловыми могли быть и скотоводы, и ремесленники, и грамотные люди при волостном правлении.