Фамилия Кернс — нечастая в России, и её происхождение ведёт скорее в германоязычную среду, чем в славянскую. Обращает на себя внимание конечное -с, которое в фамилиях немецкого или ашкеназского круга часто служит патронимическим или посессивным суффиксом. С этой особенностью связаны две основные версии значения.

Первая отталкивается от немецкого нарицательного Keerne — «зерно». Если это прозвище, то оно могло достаться человеку, чья работа была связана с зерном: выращиванием, обмолотом или продажей. Профессиональное прозвище, ставшее фамилией, — модель распространённая, и в немецкой ономастике для неё есть много аналогий. Формант -с в этом случае мог означать «сын такого-то» или просто закрепился в фамилии как характерный для определённых немецких диалектов показатель.

Вторая гипотеза связывает фамилию с топонимом Кернс — коммуной в швейцарском кантоне Обвальден. Если предок происходил из этого места, то фамилия указывала бы на его географическое происхождение. Такие «топонимические» фамилии тоже типичны для немецкоязычных регионов.

Вне зависимости от того, что лежит в основе — профессия или место, — обе версии сходятся на германских корнях фамилии. В России она встречается редко, но не единично. В Книгах памяти, например, есть запись о Марии Рейнгардовне Кернс, родившейся в 1901 году в селе Галка Добринского района Саратовской области. Эта область в Поволжье исторически была одним из центров расселения немецких колонистов, что косвенно подтверждает связь фамилии с немецкой средой.