Фамилия Хадюков образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность («чей сын?», «чей потомок?»). Основа здесь — Хадюк, а это, скорее всего, уменьшительная форма от крестильного имени. Вопрос только — от какого именно.

Вероятнее всего, в основе лежит имя Фаддей. В просторечии оно нередко сокращалось до Фадя, а от него пошли формы Фадюк, Хадюк. Переход начального «ф» в «хв» или просто «х» — типичная черта южнорусских и украинских говоров: Фёдор превращался в Хведор, а Фаддей — в Хаддей. Отсюда и Хадюк как уменьшительное. Менее вероятная, но возможная версия — связь с редким каноническим именем Харитон (в разговорной форме Харитонка или Харя), где суффикс -юк также дал бы уменьшительное прозвище.

Географически фамилия Хадюков тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается она нечасто, и это наводит на мысль, что она могла возникнуть не в барской среде, а среди крестьян или казаков, где прозвища и уличные фамилии на -юк были особенно распространены. Суффикс -юк в украинской и белорусской традиции часто обозначал молодого человека или сына: Хадюк — буквально «маленький Хадя» или «сын Хадя». При переходе в великорусскую среду фамилия получила типичный русский суффикс -ов, закрепив форму Хадюков.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Хадюков стоит в одном ряду с Фадюковым, Хадюкиным, а также с более частыми Фадеевым и Фадеевым. Они все восходят к одному имени, но разошлись по разным говорам и моделям словообразования. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные случаи перехода «ф» в «х» разбираются как характерный признак простонародной этимологии, когда малознакомый звук заменялся на более привычный.