Фамилия Ханануев — редкий случай, когда основа почти наверняка указывает на еврейское происхождение, но оформлена она по русской модели. Это сочетание встречается нечасто и сразу привлекает внимание.

Корень фамилии — имя Ханану. Это вариант библейского имени Ханания (в русской традиции — Анания), что означает «Бог помиловал» или «Бог явил милость». Форма Ханану характерна для еврейских общин, говоривших на языках идиш или горско-еврейском (татском), где имя могло звучать как Хану, Ханану или Анану. Суффикс -ев указывает на патронимическую модель: «чей?» — сын Ханану. Такой способ образования типичен для русских фамилий, которые давали носителям нерусских имён в среде, где русский язык был официальным.

Интересна география. Фамилия Ханануев встречается в основном на юге России и Кавказе — в Дагестане, Кабардино-Балкарии, Ставропольском крае. Это зона расселения горских евреев (татов), которые часто получали фамилии с окончанием -ев, присоединённым к личному имени отца. Например, рядом с Ханануевым можно встретить Исакову, Нисимову, Абрамову — все они образованы по тому же принципу.

Версия о тюркском происхождении (от слова «хан» или «ана» — мать) маловероятна. Суффикс -уев для тюркских основ нехарактерен, а сочетание «хан ана» («хан-мать») не даёт логичного прозвища. Поэтому основная и единственная обоснованная гипотеза — еврейское имя Ханану, адаптированное русским суффиксом.

Предки носителя фамилии, скорее всего, были горскими евреями, жившими в общинах на Кавказе. Род их занятий мог быть любым: от земледелия и ремесла до торговли. Фамилия не указывает на знатное происхождение, но чётко фиксирует имя родоначальника, который, судя по всему, носил имя, прославляющее милость Бога. В документах XIX — начала XX века фамилия могла записываться по-разному: Ханануев, Ханануевъ, изредка Ганануев.