Фамилия Хандута звучит нехарактерно для привычного русского уха — в ней нет типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это сразу подсказывает, что перед нами не патроним (не «чей-то сын»), а прозвище или мирское имя, застывшее в форме, близкой к исходной. Основа фамилии — «хандута» — скорее всего, восходит к южнорусским или украинским говорам, где слово «хандута» или «хандюта» могло означать человека хмурого, угрюмого, склонного к хандре. В этом случае корень тот же, что у литературного «хандра» (от греческого hypochondria, через польское посредство), но с экспрессивным суффиксом -ут(а), который придаёт слову оттенок пренебрежения или шутливой характеристики — как «плаксута», «растяпа» или «грязнуля».

Такой словообразовательный тип (основа глагольная или именная + -ут(а)) встречается в восточнославянских фамилиях нечасто, но устойчиво: можно вспомнить фамилии Лопута, Гуцута, Таранута. В случае с Хандутой модель указывает на прозвище, данное по внешнему поведению или состоянию — человек, который постоянно «хандырит», тоскует или жалуется. Впрочем, не исключён и другой, более редкий вариант: «хандута» могло быть диалектным названием определённого ремесла или предмета, но документальных подтверждений этому нет.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским регионам: по данным современных телефонных справочников и баз, носители Хандуты встречаются в Черниговской, Сумской областях Украины, а также в приграничных районах России — Брянской и Курской областях. Это согласуется с тем, что прозвище на -ута характерно именно для украинской и белорусской народной ономастики. В центральных и северных русских землях такую фамилию почти не встретишь.

Написание фамилии устойчиво: через «а» в первом слоге (Хандута, а не Хондута). Ударение, судя по произносительной норме в среде носителей, падает на второй слог — Ханду́та. Встречающийся изредка вариант «Хандюта» (через «ю») можно считать диалектным искажением, не меняющим сути: корень тот же, а суффикс -ют(а) — просто фонетический вариант.

Итак, предок носителя фамилии Хандута, скорее всего, получил прозвище за свой меланхоличный нрав или манеру поведения. Жил он на юго-западе России или на севере Украины, и его прозвище закрепилось за потомками без дополнительных суффиксов — именно в той форме, в какой его слышали соседи. Фамилия редкая, но её происхождение прозрачно и укладывается в живые законы народного словообразования.