Фамилия Хандышинов — редкая, с прозрачной, но неочевидной на первый взгляд основой. Её ядро — тюркское слово «хандыш» или «хандых». В большинстве тюркских языков «хандыш» (или «кандыш») означает «свеклу» или «свекловицу». Человек мог получить прозвище Хандыш за то, что занимался выращиванием или продажей свеклы, либо имел с ней какую-то другую связь. Вторая версия, менее распространённая, но тоже возможная: «хандыш» в некоторых диалектах — это «ханский сын» или «потомок хана» (от «хан» и суффикса принадлежности). Однако для простого крестьянского или казачьего рода, к которому с большой вероятностью относились носители фамилии, «свекольное» объяснение выглядит реалистичнее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Хандышин, то есть сын или потомок Хандыша. Финальное -ов — это уже поздняя русификация, характерная для многих нерусских фамилий, особенно в XIX веке, когда их «подгоняли» под стандартную модель на -ов/-ев. Без этого наращения фамилия звучала бы как Хандышин, но вариант с -ов закрепился в документах.

Географически фамилия Хандышинов почти наверняка тянется к Поволжью или Южному Уралу — регионам, где издавна соседствовали русские, татары, башкиры и другие тюркские народы. Свекловодство в этих краях было традиционным занятием. Скорее всего, предок носителя фамилии был либо крестьянином-огородником, либо мелким торговцем, либо казаком, перенявшим тюркское прозвище от соседей. Встречаемость фамилии очень низкая, что подтверждает её локальное происхождение — она не разошлась широко за пределы одного-двух селений или рода.

Интересная деталь: если бы фамилия образовалась от имени собственного Хандыш (как вариант татарского имени Хандыш, означающего «желанный»), то суффикс -ов был бы излишним — форма Хандышин уже указывала бы на отчество. Но наличие двойного суффикса (-ин + -ов) выдает более позднюю канцелярскую фиксацию, когда писарь записал фамилию «на вырост», по образцу русских фамилий. Это делает её хорошим примером того, как тюркское прозвище обрастало русскими окончаниями.