Фамилия Ханьков в своей основе восходит к народной форме крестильного имени Афанасий. В русском языке это имя, означающее по-гречески «бессмертный», часто сокращали до уменьшительных вариантов: Афоня, Фоня, а в некоторых говорах — Ханек. Именно от формы Ханек и образована фамилия, что делает её одним из ответвлений большого семейства «афанасьевских» фамилий — Афанасьев, Фонин, Афонин.

Покровителем имени считается Афанасий Затворник, инок Киево-Печерского монастыря. Предание рассказывает: он вёл строгую монашескую жизнь, заболел и умер. Тело приготовили к погребению, но из-за бедности покойного монахи оставили его лежать в келье, не похоронив. Ночью игумен с братией зашли туда и увидели, что Афанасий сидит живой и плачет. После этого чуда он ушёл в пещеру и, ни с кем не разговаривая, прожил затворником двенадцать лет. Скончался около 1176 года, был погребён в Ближних (Антониевых) пещерах. После смерти его почитали как чудотворца: Патерик рассказывает об исцелении монаха Вавилы от болезни ног — тот увидел Афанасия во сне, пришёл к мощам и обнял их.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русского ономастикона: суффикс -ов присоединился к основе Ханек, превратив личное прозвище в притяжательное прилагательное, которое затем закрепилось как фамилия. По сути, Ханьков — это «сын Ханека» или «человек из рода Ханека». Ударение в фамилии чаще падает на первый слог, что отличает её от некоторых однокоренных вариантов.

Важно не путать Ханьковых с фамилиями, образованными от тюркского слова «хан». Здесь нет связи с восточными титулами: начальное «х» в русских уменьшительных именах — результат диалектного смягчения или перестановки звуков в просторечии. Подобные трансформации встречались и в других именах: например, от Евдокии возникали формы Хавронья, от Степана — Стехан. Поэтому версия о тюркском происхождении выглядит натянутой и не подтверждается ни историческими документами, ни логикой русского именослова.

География фамилии не имеет узкой привязки к одной местности: Ханьковы встречаются и в центральной России, и в Поволжье, и в Сибири, куда фамилия попала с переселенцами. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия фиксировалась в крестьянской и мещанской среде, что согласуется с её происхождением от простонародной формы имени — в дворянской среде предпочитали полное Афанасий или книжное Афанасьев.

Таким образом, потомок человека по имени Ханек со временем получил фамилию Ханьков. Она звучит непривычно для современного уха, но именно такие формы сохранили живую стихию русского языка — ту, что в быту сокращала длинные церковные имена до коротких и тёплых домашних прозвищ.