Фамилия Ханьжин происходит от прозвища Ханьжа. В старину так называли человека двуличного, притворно набожного, того, кто напоказ соблюдал обряды, а в душе оставался далёк от веры. Однако в новгородских и вятских говорах у слова было и другое значение — «шатун», то есть бродяга или человек, который не сидит на месте. Эта региональная привязка даёт ключ к происхождению: вполне возможно, что предки носителей фамилии жили именно в тех краях, где бытовало такое слово.

Менее вероятно, что в основе прозвища лежит современное значение слова «ханжа» — меланхолик, пессимист, вечно недовольный человек. Эта трактовка появилась позже и не подтверждается историческими говорами, поэтому при разборе фамилии на неё опираться не стоит.

Сам суффикс -ин указывает на модель образования, типичную для русских фамилий: так называли «сына Ханьжи» или «человека из семьи Ханьжи». Подобные фамилии на -ин чаще встречались на севере и северо-востоке Руси, что косвенно согласуется с новгородской и вятской географией прозвища. То есть фамилия Ханьжин — не случайный набор звуков, а указание на конкретного предка, которого окружающие знали по прозвищу Ханьжа, и на территорию, где это прозвище было в ходу.