Фамилия Харченкова — женская форма русской фамилии Харченков. Если смотреть на неё со стороны словообразования, то перед нами классическая патронимическая модель, но с необычным суффиксом. Большинство русских фамилий на -ов/-ев образованы от полных форм крестильных имён или прозвищ. Здесь же мы видим суффикс -енк-, который в русской ономастике чаще встречается на украинской почве (как у фамилий Шевченко, Тимошенко). Однако в данном случае фамилия имеет финаль -ов, что указывает на обрусение: изначально это было украинское прозвище, к которому добавили русский суффикс принадлежности.

Основа фамилии — Харченко, а та, в свою очередь, восходит к имени Харько. Харько — это народная, уменьшительная форма канонического имени Харитон (от греческого «харис» — милость, благодать). В украинской и южнорусской традиции суффикс -енко означал «сын» или «потомок»: Харченко — буквально «сын Харька». Когда в XIX веке фамилии стали фиксировать официально, к таким украинским основам на -енко в некоторых регионах России добавили окончание -ов, чтобы привести фамилию к привычному русскому типу.

География фамилии Харченкова подтверждает её южное происхождение. Основные очаги — Брянская, Курская, Белгородская области, а также бывшие казачьи земли. В документах XVII–XVIII веков в этих местах часто встречаются записи «Харченко» и «Харченков» как варианты одной фамилии. Разница в написании могла зависеть от того, кто вёл запись: писарь из великорусских губерний добавлял -ов, местный — оставлял как есть.

Стоит отметить, что фамилия Харченков (и её женская форма Харченкова) не имеет отношения к слову «харч» или «харчи» в значении «еда». Это распространённая, но ошибочная народная этимология. Корень здесь — личное имя, а не нарицательное существительное. Подтверждение этому — однокоренные фамилии Харитонов, Харитоненко, Харченко, которые все восходят к одному источнику: имени Харитон.