Фамилия Харкалюков — один из тех случаев, когда внешне «украинский» суффикс обманчив, а корень уводит в тюркские степи. Разберём её по косточкам.

Основа фамилии — прозвище или имя Харкалюк. Суффикс -ук/-юк в украинской ономастике типичен для имён и прозвищ: так образовывали «младшего» или «сына» (например, Иван → Иванюк). То есть Харкалюк — это «маленький Харкало» или «сын Харкала». А вот само слово Харкало — уже тюркского происхождения. В тюркских языках «харка» (или «карка») означает «ворона», «ворон». В русских говорах слово «харкать» (плевать) тоже есть, но для прозвища оно маловероятно: давать человеку прозвище «Плеватель» нехарактерно для традиции. Куда правдоподобнее, что Харкало — это прозвище по внешности или поведению, данное в подражание птице: смуглый, крикливый, или, возможно, с чёрными волосами.

Фамилия заканчивается на -ов, что указывает на её «обрусение»: где-то в XIX веке носители фамилии Харкалюк попали в среду, где требовалось склонение по русскому образцу, и к основе добавили патронимический суффикс -ов. Поэтому полная форма Харкалюков буквально означает «сын Харкалюка», а в бытовом смысле — «внук Харкала». Такая двойная патронимическая цепочка (прозвище → суффикс -ук → суффикс -ов) встречается редко и говорит о миграции семьи: предки вышли из украинских земель (где бытовала модель на -ук), а затем переселились в великорусские губернии, где фамилии переоформили на -ов.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России и востоку Украины. Встречается в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Воронежской и Волгоградской областях — это зона активного смешения украинского и русского населения в XVIII–XIX веках. Сословно предки Харкалюковых скорее всего были государственными крестьянами или казаками: именно в этих средах часто меняли фамилии под административное давление, добавляя -ов к уже существовавшим формам на -ук.

Есть и менее вероятная версия: что корень «харкал» восходит к диалектному глаголу «харкать» (хрипеть, кашлять). В этом случае прозвище могли дать человеку с хриплым голосом или больному горлом. Но тюркская этимология (от «ворона») выглядит убедительнее: такие прозвища по птицам — Чайка, Сокол, Воробей — повсеместны, а вот прозвища по физиологическому действию — редкость.