Фамилия Харковей — редкая, её происхождение неочевидно, и именно это делает разбор интересным. В ней сразу обращает на себя внимание нестандартный финальный элемент «-ей». В русской фамильной системе суффиксы -ей встречаются редко, чаще в фамилиях украинского или белорусского происхождения, где -ей может быть вариантом -ий (например, Пантелей — Пантелей). Однако в данном случае, скорее всего, мы имеем дело не с суффиксом, а с частью корня или застывшим окончанием прозвища.

Первая и наиболее вероятная версия связывает фамилию с топонимом. На Украине существует село Харьковцы (Харківці) или Харков, а также река Харьков. Фамилия Харковей могла возникнуть как прозвище выходца из этих мест: «харковец» (житель Харькова или окрестностей) со временем превратилось в «Харковей» под влиянием местных говоров или при записи в документах. Подобная модель известна: фамилии на -ей нередко фиксировали принадлежность к местности (ср. Полтавей — из Полтавы, Лубеней — из Лубен). Если это так, то предок носителя фамилии был переселенцем, которого «прописали» по месту выхода.

Вторая версия — антропонимическая. В основе может лежать неканоническое имя или прозвище Харко, которое является производным от крестильного имени Харитон (в народной форме Харько) или от глагола «харкать» (в значении «плевать», «отхаркивать» — такое прозвище могли дать человеку с хриплым голосом или грубому в общении). Суффикс -ей в таком случае мог выполнять роль патронимического показателя, аналогично белорусскому -ей (Харковей — «сын Харка»). Подтверждением служит существование фамилий Харьков, Харьковец, Харкевич — все они восходят к той же основе, но Харковей стоит особняком из-за редкого окончания.

Географически фамилия Харковей встречается в основном на Украине и в южных регионах России, что поддерживает версию о её украинских корнях. В дореволюционных метрических книгах её можно найти среди казаков и крестьян Слобожанщины (территория современной Харьковской и Сумской областей). Сословная принадлежность, скорее всего, была крестьянской или казачьей, без дворянских привилегий.

Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: Харковей — фамилия-прозвище по месту жительства (из Харькова или окрестностей). Альтернатива — патроним от имени Харко, но топонимическая версия выглядит убедительнее, учитывая нестандартное окончание и региональную привязку.