Фамилия Хайковский образована по одной из самых распространённых в польской и западнорусской ономастике моделей — с суффиксом -ский/-цкий. Такие фамилии указывали на принадлежность к месту, чаще всего к населённому пункту с похожим названием. В основе лежит топоним Хайки или Хайково. Населённых пунктов с корнем «хай» немало в Польше, Беларуси и на западе Украины: деревни Хайки есть в Люблинском воеводстве, на Волыни, под Брестом. Слово «хай» в восточнославянских говорах означает рощу, лесок, иногда — небольшой перелесок среди поля. Таким образом, Хайковский — это «тот, кто из Хайков», то есть выходец из места, названного по лесному массиву.

Менее вероятна, но не исключена версия, что фамилия могла возникнуть от прозвища Хайко. В украинском и белорусском «хай» — это ещё и междометие, близкое к «пусть», «ладно», но как личное прозвище оно встречается редко. Если допустить такую основу, то суффикс -овский добавляет значение «сын Хайка», хотя для этого чаще использовали бы -ович или -енко. Поэтому топонимическое объяснение выглядит убедительнее.

Фамилия Хайковский — довольно редкая. В России её носители встречаются в основном в западных областях, куда в XIX — начале XX века переселялись поляки и белорусы, а также среди потомков шляхты, утратившей дворянство после восстаний. В польских гербовниках фамилия не фиксируется, что указывает на её происхождение скорее из мелкой шляхты или крестьян, а не из родовитой знати. В советское время фамилия могла быть русифицирована: у части носителей окончание упростилось до Хайков.

С точки зрения ударения, в русском языке оно обычно падает на второй слог — Хайко́вский, хотя в польском варианте возможен акцент на первом: Ха́йковский. В написании путаница почти не встречается: вариант Хайковский легко отличить от Хаевский (от имени Хай) или Кайковский.