Фамилия Хохлухина образована от мирского имени Хохлуха — так в старину называли человека, а не птицу. Хотя связь с пернатыми тут прямая: в русских говорах «хохлаточка» — это хохлатая курица, а «хохлухой» могли называть нырка, малую гагару или чубатку. Имя давали младенцу по древнему обычаю: родители надеялись, что природа примет ребёнка как своего, а к нему перейдут полезные качества этой птицы — проворство, заботливость, умение устраивать гнездо.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Хохлухин — это «сын Хохлухи», потомок человека с таким прозвищем. Модель типична для северорусских и сибирских фамилий, где отыменные прозвища на -а/-я легко превращались в притяжательные прилагательные.

Само имя Хохлуха звучит необидно, скорее ласково-насмешливо. В крестьянской среде такие прозвища по птицам встречались часто: рядом с Хохлухиными жили Галкины, Соколовы, Уткины. Но если Соколовы вели род от «сокола» — образа удальца, то Хохлуха отсылала к домашней птице, что говорит о близости предков к двору, хозяйству, земле.

Встречается и другая версия: в южнорусских говорах «хохлуха» — женщина-украинка, «хохлушка». Тогда фамилия могла закрепиться за потомками переселенцев с Украины или за русскими, жившими в окружении украинцев. Но эта гипотеза слабее: прозвища по национальности обычно давали взрослым, а не детям, и суффикс -ин здесь работал бы иначе.

Письменные источники не сохранили точной даты появления фамилии. Но по модели образования её можно отнести к XVII–XVIII векам, когда мирские имена окончательно уступили место фамилиям. В переписных книгах того времени то и дело встречаются Хохлухи — крестьяне, посадские, реже стрельцы. Фамилия не дворянская, не купеческая — она прочно связана с народной средой.

Сегодня Хохлухины живут в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждает севернорусское происхождение: именно оттуда шла колонизация этих земель. Написание с одним «х» в корне устойчиво, хотя в дореволюционных документах попадаются варианты «Хахлухин» — следствие акающего произношения.