Фамилия Хохрунов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичного для русских фамилий суффикса -ов, который присоединяют к основе, оканчивающейся на согласный (Петров, Иванов). Здесь мы видим суффикс -ун-, который в русском языке обычно образует названия действующих лиц: бегун, крикун, ворчун. Соответственно, основа Хохр- могла лечь в прозвище Хохрун — человек, который «хохрит», то есть делает что-то с характерным звуком или движением.

Самая прямая версия связывает фамилию с диалектным глаголом «хохрить» — ерошить, взлохмачивать, приводить в беспорядок, особенно о волосах или шерсти. В этом случае Хохрун — прозвище лохматого, неопрятного человека или того, кто постоянно поправляет одежду, «хохлится». Вторая версия, менее распространённая, отсылает к звукоподражанию: «хохрить» могло означать издавать хриплый, горловой звук, кашель или смех. Тогда Хохрун — прозвище кашляющего или хохочущего человека.

Морфология фамилии указывает на её древнюю, допетровскую основу. Суффикс -ун- в прозвищах был очень активен в XV–XVII веках, особенно в северных и центральных русских говорах. Фамилии на -унов (Хохрунов, Ворчунов, Болтунов) чаще всего встречаются в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях. В этих краях слово «хохрить» в значении «ерошить» было хорошо известно, что делает версию с лохматым прозвищем наиболее правдоподобной.

Родственных фамилий в русском ономастиконе немного. Можно вспомнить Хохрин, Хохряков — они тоже образованы от диалектных «хохря» или «хохра» (неряха, замарашка). Но Хохрунов стоит особняком: суффикс -ун- придаёт прозвищу активный, деятельный оттенок. Это не просто «лохматый человек», а «тот, кто постоянно лохматится или лохматит других». Такая модель образования характерна для прозвищ, данных по поведению или характерной привычке.

Сословная принадлежность предков Хохруновых, скорее всего, крестьянская или посадская. Фамилии на -унов редко встречались у дворянства, которое предпочитало модели на -ский или -ов с книжными основами. Первые письменные фиксации фамилии можно искать в писцовых книгах Русского Севера конца XVII века, но конкретные даты и имена без архивных изысканий назвать сложно. Фамилия осталась редкой: она не попала в массовые списки XIX века и не «растворилась» в большом числе носителей.