Фамилия Хохрунова — женская форма от Хохрунов, и её разумнее всего разбирать через мужской вариант. Основа здесь — прозвище Хохрун. Слово «хохрун» в русских говорах имеет два основных значения, и оба ведут к одной логике: человек с необычной внешностью или повадкой.

Первое и самое прямое значение — «хохол», то есть человек с взлохмаченными, торчащими вверх волосами, с хохлом на голове. Второе, более редкое, — «хохруном» в некоторых областях называли задиру, драчуна, человека, который «наскакивает» и «хохлится», то есть нахохливается, как птица. Оба смысла легко могли закрепиться за человеком в качестве уличного прозвища, а затем перейти в фамилию.

Суффикс -ов в фамилии Хохрунов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Хохруна». Фамилия образована по продуктивной модели, поэтому её возникновение не привязано к какому-то одному региону. Однако, учитывая диалектную природу слова, можно предположить, что фамилия чаще встречалась в северных и центральных областях России, где слово «хохрун» фиксируется в говорах.

В отличие от фамилий, образованных от канонических имён (Иванов, Петров), Хохрунов относится к группе прозвищных фамилий, которые напрямую описывали человека. Родственными по корню можно считать фамилии Хохлов, Хохлачёв, Хохрин — все они так или иначе связаны с «хохлом» или «хохлиться». Фамилия Хохрунова, таким образом, могла принадлежать потомку человека, которого в деревне знали по торчащему вихру или по драчливому нраву.