Фамилия Холобова — женская форма, а мужская, Холобов, в основе своей имеет прозвище или нецерковное имя Холоб. Самая вероятная версия связывает его со словом «холоп». В древнерусском языке холоп — это не просто раб или крепостной, а человек, находящийся в личной зависимости от господина, часто дворовый слуга или челядин. Прозвище Холоп мог получить либо человек, действительно состоявший в такой зависимости, либо, по распространённой в народе иронии, бойкий и своевольный человек — «назло барину». Модель образования проста: к основе Холоб- (фонетический вариант «холоп», где «п» перешло в «б» перед звонким окончанием или под влиянием говоров) добавился типичный русский суффикс принадлежности -ов, означающий «сын Холопа» или «из семьи Холопа».

Встречается и менее очевидная версия — от диалектного слова «холобуда» (шалаш, времянка, плохое жильё). В этом случае Холобом могли прозвать строителя таких сооружений или человека, жившего в бедной лачуге. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от названий построек в русской ономастике редки, а «холоп» — корень частотный и социально значимый.

Фамилия Холобов (и Холобова) встречается в основном в центральных и южных регионах России, где крепостное право было наиболее распространено. В некоторых говорах слово «холоб» фиксировалось как форма именительного падежа вместо литературного «холоп», что и закрепилось в фамилии. Примечательно, что однокоренные фамилии — Холопов, Холопцев — образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что указывает на разные исторические варианты оформления прозвища в документах. Холобова, таким образом, прямо указывает на социальный статус или характер предка, без дополнительных географических или профессиональных наслоений.