Вероятно, оно ведет свое начало от нарицательного «халупа» - так в южных и западных говорах называли «избушку, хижину, хату». Исходя из этого, можно предположить, что прозвища Холупко содержало указание либо на особенности места жительства основателя фамилии (в небольшой избе), либо на род его деятельности (строительство).